機房專用空調送風量大，機房換氣次數高（通常在30～60次/小時），整個機房內能形成整體的氣流循環，使機房內的所有設備均能平均得到冷卻。傳統的舒適性空調，由于送風量小，換氣次數少，機房內空氣不能保證有足夠高的流速將塵埃帶回到過濾器上，而在機房設備內部產生沉積，對設備本身產生不良影響。且一般舒適性空調機組的過濾性能較差，不能滿足計算機的凈化要求。
采用機房專用空調送風量大，空氣循環好，同時因具有專用的空氣過濾器，能及時高效的濾掉空氣中的塵挨，保持機房的潔凈度。
因大多數機房內的電子設備均是連續運行的，工作時間長，因此要求機房專用空調在設計上可大負荷常年連續運轉，并要保持極高的可靠性。舒適性空調較難滿足要求，尤其是在冬季，計算機機房因其密封性好而發熱設備又多，仍需空調機組正常制冷工作，此時，一般舒適性空調由于室外冷凝壓力過低已很難正常工作，機房精密空調，機房專用空調通過可控的室外冷凝器，仍能正常保證制冷循環工作。
舒適性空調風量小，風速低，只能在送風方向局部氣流循環，不能在機房形成整體的氣流循環，機房冷卻不均勻，使得機房內存在區域溫差，送風方向區域溫度低，其他區域溫度高，發熱設備因擺放位置不同而產生局部熱量積累，導致設備過熱損壞。
